هر ساله معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت گزارشی از روند تحقیقات و پژوهش دانشگاه های علوم پزشکی منتشر می کند که بر اساس این ارزشیابی سالانه برترین ها در جشنواره تحقیقات علوم پزشکی رازی جوایزی را دریافت می کنند.
این ارزشیابی بر اساس تعداد اعضای هیات علمی، تعداد پژوهشگر تطبیق یافته، کسب امتیاز در بخش های حاکمیت رهبری، توانمند سازی، تولید و دانش، تحقیقات دانشجویی انجام می گیرد و در نهایت امتیاز خام ملاک رده بندی دانشگاه ها می شود.
به منظور رعایت عدالت در میان دانشگاهها، دانشگاه های مادر یا تیپ یک در گروه خود، دانشگاههای تیپ دو که در حال توسعه هستند در گروه خود و دانشگاه های تیپ سه که هنوز در ابتدای راه هستند نیز در گروه خود ارزشیابی می شوند.
دانشگاه های علوم پزشکی تیپ یک شامل دانشگاه علوم پزشکی تهران، شهیدبهشتی، اصفهان، شیراز، مشهد، تبریز، اهواز و کرمان هستند.
در این ارزشیابی دانشگاه علوم پزشکی تهران با کسب 96007.88 امتیاز خام در رتبه اول در میان دانشگاههای تیپ یک قرار دارد.
دانشگاه های علوم پزشکی تیپ دو نیز شامل 24 دانشگاه علوم پزشکی است که در این گروه دانشگاه علوم پزشکی بقیة الله با 12602.02 امتیاز خام در رده اول قرار دارد.
دانشگاه های علوم پزشکی تیپ سه نیز شامل 19 دانشگاه علوم پزشکی که در این گروه دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد با 6280.2 امتیاز خام در رده اول قرار گرفته است.
جدول ارزشیابی پژوهشی دانشگاه های علوم پزشکی تیپ یک در سال 91
| رتبه | نام دانشگاه | میزان امتیاز خام |
| یک | دانشگاه علوم پزشکی تهران | 96007.88 |
| دوم | دانشگاه علوم پزشکی شهیدبهشتی | 49313.33 |
| سوم | دانشگاه علوم پزشکی اصفهان |
41310.67 |
| چهارم | دانشگاه علوم پزشکی شیراز | 29251.32 |
| پنجم | دانشگاه علوم پزشکی مشهد |
24794.61 |
| ششم | دانشگاه علوم پزشکی تبریز | 24460.39 |
| هفتم | دانشگاه علوم پزشکی اهواز |
15243.54 |
| هشتم | دانشگاه علوم پزشکی کرمان | 10387.41 |
در میان دانشگاه های علوم پزشکی تیپ یک، دانشگاه علوم پزشکی تهران بالاترین امتیاز را در شاخص های حاکمیت و رهبری، توانمندی سازی و تولید و دانش را بدست آورده است. در این میان بالاترین امتیاز در شاخص تحقیقات دانشجویی متعلق به دانشگاه علوم پزشکی شیراز است.
جدول ارزشیابی پژوهشی دانشگاه های علوم پزشکی تیپ دو در سال 91
| رتبه | دانشگاه علوم پزشکی | رتبه | دانشگاه علوم پزشکی | رتبه | دانشگاه علوم پزشکی |
| 1 | بقیة الله | 9 | زاهدان | 17 | اراک |
| 2 | مازندران | 10 | علوم بهزیستی و توانبخشی | 18 | رفسنجان |
| 3 | کرمانشاه | 11 | گلستان | 19 | بیرجند |
| 4 | یزد | 12 | قزوین | 20 | هرمزگان |
| 5 | همدان | 13 | تربیت مدرس | 21 | لرستان |
| 6 | انستیتو پاستور ایران | 14 | کاشان | 22 | سمنان |
| 7 | بابل | 15 | گیلان | 23 | اردبیل |
| 8 | ارومیه | 16 | زنجان | 24 | دانشگاه شاهد |
در میان دانشگاه های علوم پزشکی تیپ دو، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی یزد در شاخص حاکمیت و رهبری، دانشگاه علوم پزشکی مازندران در شاخص توانمندی سازی، دانشگاه علوم پزشکی بقیة الله در شاخص تولید و دانش و دانشگاه علوم پزشکی مازندران در شاخص تحقیقات دانشجویی بالاترین امتیازات را کسب کرده اند.
جدول ارزشیابی پژوهشی دانشگاه های علوم پزشکی تیپ سه در سال 91
| رتبه | دانشگاه علوم پزشکی | رتبه | دانشگاه علوم پزشکی | رتبه | دانشگاه علوم پزشکی |
| 1 | شهرکرد | 9 | جهرم | 17 | تربیت حیدریه |
| 2 | یاسوج | 10 | شاهرود | 18 | نیشابور |
| 3 | ایلام | 11 | گناباد | 19 | دزفول |
| 4 | خراسان شمالی | 12 | فسا | ||
| 5 | کردستان | 13 | ارتش | ||
| 6 | قم | 14 | البرز | ||
| 7 | بوشهر | 15 | زابل | ||
| 8 | سبزوار | 16 | جیرفت |
در میان دانشگاه های علوم پزشکی تیپ سه، دانشگاه علوم پزشکی یاسوج در شاخص حاکمیت و رهبری، دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی در شاخص توانمندی سازی، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد در شاخص تولید و دانش و دانشگاه علوم پزشکی یاسوج در شاخص تحقیقات دانشجویی بالاترین امتیازات را کسب کرده اند.
