برنامه تربیت پزشک پژوهشگر، یک برنامه ویژه آموزشی و پژوهشی سه تا هشت ساله برای پذیرش دانشجویان مستعد به منظور تربیت متخصصان پژوهشگر و دانشمندان برجسته عرصه پزشکی، سلامت و بهداشت است.
از جمله اهداف این برنامه را مي توان به توسعه علوم و فناوری‌های مربوط به حوزه پزشکی، سلامت و بهداشت مطابق اولویت‌های کشور، تربیت متخصصان و دانشمندان سرآمد حوزه پزشکی، افزایش تاثیرگذاری پژوهشگران کارامد در عرصه پزشکی، سلامت و بهداشت و کاهش روند مهاجرت نخبگان پزشکی از کشور اشاره كرد.
مشمولان برنامه تربیت پزشک پژوهشگر شامل صد نفر برگزیده اول آزمون سراسری در مقطع دکتری حرفه‌ای (با معرفی سازمان سنجش آموزش کشور)، دارندگان نشان‌های طلا، نقره و برتر کشوری از المپیادهای ملی دانش‌آموزی (با معرفی وزارت آموزش و پرورش)، برگزیدگان آزمون‌های جامع، پیش کارورزی و دستیاری در رشته‌های پزشکی و داروسازی(با معرفی وزارت بهداشت و درمان) و دارندگان رتبه‌های اول تا سوم کشوری از المپیاد ملی دانشجویی هستند.
تطابق شرایط متقاضیان با ضوابط بنیاد ملی نخبگان ، بهره‌مند ساختن مشمولان برنامه از تسهیلات بنیاد، تامین حداکثر هشتاد درصد از هزینه‌های مترتب بر اجرای این برنامه از محل بودجه ستاد توسعه فناوری معاونت علمي و فناوري رياست جمهوري و مشارکت در انتخاب مشمولان برنامه و نظارت بر اجرای آن از جمله تعهدات بنیاد در اجراي اين برنامه به شمار می‌آید.
همچنین از جمله تعهدات وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در این توافق‌نامه را مي توان به تدوین، تصویب و اجرای برنامه ویژه آموزشی و پژوهشی مشمولان برنامه پزشک پژوهشگر، تعهد استخدام مشمولان برنامه به عنوان هیئت علمی پس از اتمام موفق دوره، اخذ تعهد از مشمولان برای خدمت در کشور به مدت دوبرابر مدت بهره‌مندی از تسهیلات برنامه، تامین دست کم بیست درصد از هزینه‌های مترتب بر اجرای برنامه و نظارت بر اجرای برنامه و ارائه گزارش عملکرد سالانه برنامه به شورای راهبری اشاره كرد.
بر اساس اين توافق نامه وزارت بهداشت در شش ماه اول هر سال، فراخوان شناسايي داوطلبان شركت در برنامه را به طور عمومي در سطح كشور منتشر مي كند.
توافق‌نامه اجرای برنامه تربیت پزشک پژوهشگر در اردیبهشت ماه به امضای دکتر ستاری، معاون علمی و فناوری رئیس جمهور و رئیس بنیاد ملی نخبگان و دکتر سیدحسن هاشمی، وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی رسيده و جهت اجرا ابلاغ شده است.
