محمدعلی نجفی در اجلاس سراسری روسای دانشگاهها در مشهد مقدس ضمن تاکید بر این نکته که 33 سال پیش به دعوت یک روحانی گرانقدر دکتر باهنر و حدود دو هفته قبل به دعوت یک روحانی بزرگوار دیگر این مسؤولیت را پذیرا شده، افزود: در فاصله زمانی بین پذیرش این دو مسئولیت، تغییر و تحولات بزرگی در مسائل مربوط به علوم، تحقیقات و فناوری رخ داده ولی بسیاری از خواسته ها و انتظارات اصلی حضرت امام (ره)، مقام معظم رهبری و نظام از دانشگاه به قوت خود باقی است.

سرپرست وزارت علوم در ادامه به چالش های فراروی آموزش عالی اشاره کرد و ارتقای کیفیت آموزش عالی را مهم ترین چالش آموزش عالی دانست و گفت: در سالهای اخیر به دلایلی، شاهد سیطره کمیت بر تصمیمات، برنامه ها و فعالیت های آموزش عالی بودیم.

وی گام برداشتن در جهت نظام جامع تضمین کیفیت آموزش عالی را وظیفه مدیران همه دانشگاه ها دانست و تاکید کرد: دانشگاه بدون کیفیت، نمی تواند مبدأ تحول و پیشران تولید علم در جامعه باشد و به رسالت های اصلی  خود عمل کند.

نجفی چالش دیگر را کارآمد کردن نظام آموزش عالی کشور عنوان کرد و ادامه داد: این کارآمدی دارای وجوه و ابعاد مختلف " کاربست علم در جامعه" و " توانمند سازی خروجی های دانشگاه ها" ، " پیوند بین دانشگاه با بخش های مختلف اجرایی و اقتصادی کشور"  و " بین المللی کردن دانشگاهها " است و عدم وجود پیوند عمیق میان دانشگاه با نیازهای امروز جامعه را از نقاط ضعف آموزش عالی دانست.

نجفی سومین چالش آموزش عالی را اقتصاد و منابع مالی دانشگاهها عنوان کرد و افزود: ما به یک استراتژی مالی کلی برای آموزش عالی کشور نیازمندیم و در عین حال نمی توان یک نسخه مالی برای همه دانشگاهها تجویز کرد.

وی "برندفروشی" در دانشگاهها را مورد نکوهش قرار داد و تأکید کرد: اگرچه مجموعه منابع مالی که در آموزش عالی کشور در گردش هستند به ما اجازه داشتن حداکثر کیفیت را نمی دهد ولی باید تلاش کنیم هم در تأمین منابع مالی و هم در هزینه کرد این منابع، بی عدالتی صورت نگیرد و باید دانشگاه ها به میزانی که در حل مسائل ملی و منطقه ای نقش دارند، منابع مالی بیشتری کسب و از آن در جهت ارتقای علمی کشور استفاده کنند.

سرپرست وزارت علوم، در ادامه به رویکردهای آینده آموزش عالی اشاره کرد و تصمیم گیری براساس تصمیم سازی را مهمترین رویکرد آموزش عالی عنوان و به روسای دانشگاهها توصیه کرد که در اداره دانشگاهها نظام تصمیم سازی مبتنی بر خرد جمعی را به وجود آورند و از توانایی فکری و معرفتی کل نظام بهره گیرند و از طرفی، با مشارکت دادن استادان، دانشجویان و دانشگاهیان در تصمیم گیریها در آنها انگیزه ایجاد کنند.

نجفی، "کاستن از تمرکزگرایی" و "حرکت به سوی استقلال دانشگاهها" را از دیگر رویکردهای وزارت علوم دانست و در عین حال تأکید کرد: حدود و ثغور استقلال را باید مشخص کرد و دانشگاه مستقل باید با دیگر بخشهای جامعه رابطه اصولی داشته باشد و تعهدی درون زا نسبت به مشکلات جامعه احساس کند.

وی رویکرد بعدی وزارت علوم را بین المللی کردن دانشگاهها عنوان کرد و این مسئله را هم از نظر اقتصادی و هم از نظر فرهنگی به نفع جمهوری اسلامی ایران دانست.

سرپرست وزارت علوم، آینده نگری، آینده نگاری و آینده پژوهی را یکی دیگر از رویکردهای آینده آموزش عالی بیان و تأکید کرد که با توجه به اینکه نظام سنتی آموزش دچار تحول شده، نظام آموزش عالی کشور هم باید پذیرای نگاه نو و تحول آفرین باشد.

تفکیک سنجش و پذیرش از رویکردهای مهم دیگر  آموزش عالی از دیدگاه سرپرست وزارت علوم است که به گفته وی در حال بررسی است.

نجفی در خصوص مسائل سیاسی در دانشگاهها اظهار داشت: استراتژی ما این است که دانشگاه نباید میدان رقابتهای سیاسی باشد و مسائل سیاسی نباید مسائل علمی و آموزشی را به حاشیه براند و در یک کلام، دانشگاه نباید سیاست زده شود و باج سیاسی به کسی یا جریانی بدهد.

سرپرست وزارت علوم از رؤسای دانشگاهها خواست از ظرفیت های قانون بودجه برای حل مشکلات دانشگاهها استفاده کنند، با ستاد وزارت همکاری بیشتر و دقیق تر داشته باشند و با نگاه محبت آمیز و با رحمت و عطوفت نسبت به دانشجویان سال تحصیلی را با نشاط، قوت و قدرت آغاز کنند و فارغ از جریانات سیاسی، هر کاری را به صلاح نظام آموزش عالی کشور می دانند، انجام دهند.